Das Ganze nennt sich USN-Journal (Update Sequence Number Journal).
Im USN-Journal werden sämtliche Änderungen an Dateien protokolliert, die auf NTFS-Datenträgern gespeichert sind. NTFS verwendet das USN-Journal, um für alle Datenträger Informationen zu Dateien zu verfolgen, die hinzugefügt, gelöscht oder geändert wurden.

Dieses USN-Journal ist wichtiger Bestandteil von Windows – eigentlich ein Katalog, der, wenn er zerstört ist, mit der Festplattenüberprüfung repariert wird.

Es gibt jedoch zur vollständigen Defragmentierung die Möglichkeit, dieses Journal zu löschen. Dieses wird dann wieder neu aufgebaut.
Das Journal wächst durch viele Installationen bis in den GB-Bereich an.

Zur Behebung kann man in der Eingabeaufforderung (cmd) mit Administratoren-Rechten und folgendem Befehl das Journal löschen:

fsutil usn deletejournal /D C:

(C: steht hier für das betroffene Laufwerk.)